Créée en 1999 par Jean-François Dufour, Sandrine Dufour et Thomas Sirdey, la Japan Expo était à l'origine un rassemblement de fans de manga et de l'animation japonaise.
Au fur et à mesure des années, le contenu et les activités proposés par la Japan Expo augmente et s'élargissent plus largement sur toute la culture japonaise, permettant ainsi de voir le nombre des visiteurs augmenter, pour atteindre près de 180 000 visites durant le dernier salon.
En 2009, fort de son succès sur Paris, la Japan Expo décide de s'éxporter dans le sud de la France avec la "Japan Expo Sud".
Les organisateurs de la Japan Expo sont également à l'origine des festivals Comic Con France et la Chibi Japan Expo.